Desde su nacimiento en 2002, y hasta el año 2006, el Proyecto CRCE se formula como un conjunto de 6 subproyectos (Paludismo, Tripanosomiasis, Entomología y Control Vectorial, Tuberculosis, VIH/SIDA y Laboratorios de Referencia de Microbiología), que asisten técnicamente a los Programas Nacionales del control de Endemias del Ministerio de Sanidad y Bienestar Social de Guinea Ecuatorial. También se proporciona asistencia técnica al área de Lepra, con financiación de la Asociación Fontilles. Estos subproyectos se formulan bajo tres lineamientos comunes: asesoría y acompañamiento a los directores nacionales de los programas; formación, equipamiento y suministro; y desarrollo de investigación aplicada.

A partir de 2007, una serie de circunstancias hacen necesaria la elaboración de un nuevo Programa de Cooperación Científico-Técnica:

• Los cambios socioeconómicos que en los últimos años ha vivido Guinea Ecuatorial, y su influencia sobre los indicadores de salud

• Es necesario alinear y armonizar los objetivos de la asistencia técnica del CRCE con los establecidos en el recién formulado Plan Nacional de Desarrollo Económico y Social “Hacia el Horizonte 2020”, impulsado y auspiciado por el Jefe de Estado en la II Conferencia Económica Nacional.

• El cambio de orientación de la estrategia de Cooperación Española, que se ha materializado en un Plan de Atención Especial para Guinea Ecuatorial.

• El CRCE debe mantener las orientaciones y objetivos del organismo tutor, en este caso el Instituto de Salud Carlos III, que como Organismo Público de Investigación, tiene como objetivos principales el apoyo científico y técnico, así como el fomento de la investigación en biomedicina y ciencias de la salud.

Teniendo en cuenta todos estos aspectos, el CNMT ha elaborado un Plan Estratégico de Cooperación Científico-Técnica para el periodo 2008-2012, cuyo objetivo general es: Fortalecer al Ministerio de Sanidad y Bienestar Social de la República de Guinea Ecuatorial en la lucha contra las principales endemias, dando prioridad al Paludismo, la Tuberculosis y el VIH/SIDA.

El CRCE llevará a cabo esta misión mediante el desarrollo de las capacidades institucionales, la generación de conocimiento y el apoyo a la ejecución de las estrategias nacionales de manejo (diagnóstico y tratamiento), control y prevención. Cinco van a ser las líneas de actuación del CRCE en el marco de este nuevo Plan Estratégico: